Sünnet küçük bir cerrahi girişim olarak görülse de, her cerrahi girişim gibi yeterli deneyim olmadan, özensiz ve uygun şartlar sağlanmadan yapıldığında azımsanamayacak oranda komplikasyon riski taşımaktadır. Sünnet komplikasyonu, sünnetin yapıldığı ortam, yapan kişinin deneyimi, sünnet yaşı ve seçilen yönteme göre komplikasyon ihtimali değiştiği için kesin bir oran vermek mümkün değildir. Çocuk çerrahisi kliniklerinde yapılan sünnetlerin yaklaşık %5 ini sünnet hatalarının düzeltilmesi oluşturur. Sünnet komplikasyonları erken ve geç komplikasyonlar olarak sınıflandırılabilir.
Erken dönemde ağrı, kanama, şişme, yetersiz yada fazla cilt alımı gibi hafif komplikasyonlar görülebileceği gibi nadiren ölüm, penisin kesilmesi gibi ciddi komplikasyonlar da görülebilir.
Geç dönemde ise, penis gövdesi ile glans arasında cilt köprüsü oluşması, peniste şekil bozukluğu, idrar yapamama, idrar kanalında darlık, meatal ülser ve fistüller görülebilir. En sık görülen sorun yetersiz doku çıkarılması nedeniyle tekrar sünnet gereksinimin doğmasıdır Yetersiz sünnet nedeniyle tekrar girişim yapılan ailelerin birçoğunun ortak hikayesi, daha önceki sünnet sonrasında kalan fazla sünnet derisinin çocuk büyüdükçe normale döneceğinin söylendiği ancak bunun düzelmediğidir. Genellikle yeniden sünnet gereksinim hali, sadece sünnet olmamış görüntüsü olan çocuklara önerilmektedir. ikinci en sık operasyon gerekliliği idrar kanalının uç kısmında ki darlıktır.
Çocuk lokal işlemi tolere edebilecek yaşta olsa bile sünnet revizyonunun genel anestezi altında yapılması önerilmektedir. Erken kanama ve enfeksiyon %8’e varan oranlarda görülebileceği bildirilmiştir. Özellikle hastane dışı ortamlarda yapılan sünnetlerde enfeksiyon ve kanama ve diğer sorunlar daha sık gözlenmektedir. Görülme sıklığı, yapan kişinin eğitimine, kullanılan tekniğe ve sünnetin yapıldığı şartlara göre değişmektedir.
Kanama, penil kanlanmayı bozmayacak şekilde baskılı sargı uygulaması ve gerektiğinde sütür atılarak durdurabilir. Uzamış kanama durumlarında altta yatan bir pıhtılaşma bozukluğu olabileceği düşünülmeli, gerekli araştırma ve tedavi yapılmalıdır. Aksi halde nadiren de olsa hipovolemik şok ve ölüm görülebilir
