Hipospadias hastalığının tedavisi ameliyattır. Doğumdan sonra 6. ay ile 1.5 yaş arası ameliyat için en doğru zamandır. Bununla birlikte daha büyük çocuklarda da Hipospadias ameliyatı yapılabilir. Duruma göre iki ya da daha üzeri sayıda operasyon yapılabilir.

Bu hastalık hakkında bilinmesi gereken en önemli nokta ise, Hipospadias sorunu olan çocukların kesinlikle sünnet ettirilmeleri gerektiğidir. Çünkü sünnet derisi, idrar kanalı yapılmasında ve penis önünün kapatılmasında kullanılır.

Ameliyat sonrası hastanede kalış süresi çocuğun genel durumuna göre belirlenir. Çoğu vakada çocuk aynı gün taburcu olabilir, ancak bir ya da iki gün hastanede yatmanın gerekli olduğu durumlarda oluşabilir. Genellikle ameliyattan sonra 3. ile 5. gün arasında pansuman açılır. 7. günde de soda alınır. Ameliyat sonrası bebeklik çağında dikişlerin açılması, kanama ve enfeksiyon, çocukluk çağında ise darlık, fistül ve peniste aşağı doğru evrilme gibi komplikasyonlar oluşabilir.

Hipospadias ameliyatının birçok tıp dalı tarafından yapılabildiği iddia edilir. Doğrusu ise çocuk cerrahisi uzmanı yada çocuk üroloğu tarafından ameliyatın yapılmasıdır. Ameliyat sonrasında komplikasyon riskinin azalması ve çocuğun bu süreci daha rahat atlatması için seçilecek doktorun mutlaka alanında uzman olması önemlidir.